В МБОУ "СШ 49" расположены медицинский и процедурные кабинеты, оснащенные всем необходимым оборудованием согласно "Стандарту оснащения медицинского блока отделения организации медицинской помощи несовершеннолетним в образовательных организациях" (Порядок оказания медицинской помощи несовершеннолетним, в том числе в период обучения и воспитания в образовательных организациях, утвержденный приказом Министерства здравоохранения РФ от 5 ноября 2013 г. N 822н).
Оказание первичной медико-санитарной помощи обучающимся осуществоляется на основе договорных отношенийс Учреждением здравоохранения ОБУЗ Детской поликлиникой №6.